Le Secrétaire général espagnol des pêches a annoncé que 12,5 millions d’euros seront alloués en 2013 pour aider les flottes européennes en proie à des difficultés dans le contexte des accords de pêche entre l’UE, la Mauritanie et la Guinée-Bissau. Plus particulièrement, 8,1 millions d’euros seront versés en compensation de la « cessation temporaire » d’activité des navires opérant en Mauritanie, à la fois pour ceux qui peuvent solliciter des licences en vertu du nouveau protocole d’accord mais qui ont refusé de le faire jusqu’à présent, et pour les navires de pêche au poulpe qui sont maintenant exclus de l’accord. Cet argent couvrira également le dernier versement de 2012 aux armateurs affectés par le non renouvellement de l’accord de pêche bilatéral avec le Maroc. Ces montants sont le maximum pouvant être alloué, « car nous ne savons pas ce qu’il arrivera », a affirmé le Secrétaire général.  

Toutefois, le fait que certains armateurs européens refusant de pêcher en Mauritanie demandent une compensation financière suscite quelques critiques. Certaines ONG estiment que la situation ne fait que mettre en exergue le fait que certains chalutiers actifs en Mauritanie ne peuvent être rentables dans les conditions de pêche durable, un représentant des pêcheries européennes artisanales allant jusqu’à ironiser :  « Je ne pêche pas en Mauritanie non plus – où est-ce que je vais demander mon indemnité ? »

Au Parlement européen et au Conseil, le débat sur le nouveau protocole UE-Mauritanie semble avoir évolué : un article sur le site web CFP Reform Watch note que « par le passé, les États membres du nord de l’Europe […] ont souvent critiqué les APP de l’UE avec les pays d’Afrique de l’Ouest comme étant non durables. Cette fois, ce sont plutôt les pays du sud de l’Europe qui s’opposent à l’accord car il limite la pêche européenne ». Il existe une dissension similaire entre ceux qui veulent maintenir les subventions pour la cessation temporaire et définitive des activités de pêche en raison du non renouvellement d’un APP, et ceux qui ne le veulent pas.