Un document publié par le journal scientifique Marine Policy examine l'évolution des accords de pêche signés par l’UE avec Madagascar depuis la conclusion du tout premier en 1986. L’étude souligne que « depuis 1986, les quotas de l’UE ont connu une hausse de 30 %, alors que les frais payés par l’Union ont baissé de 20 % ». Selon les auteurs, cette situation indique que les accords signés entre l'Union et Madagascar « sont en contradiction directe avec les objectifs définis par la CPC, qui note que les bénéfices de ces accords doivent servir les pays en développement et non les intérêts privées des entités de l’UE ».

Les auteurs proposent un nouveau cadre de définition des quotas de capture et des droits dans les accords futurs, afin de mieux bénéficier Madagascar. Dans ce cadre, tous les coûts liés aux accords seraient directement supportés par les industries, tandis que l'assistance au développement de l’UE en serait découplée pour ne concerner que le renforcement des capacités des pays hôtes en matière de suivi et d'application des lois.

L'étude note également que des accords privés ont été négociés à huis clos entre Madagascar et deux sociétés françaises et des licences délivrées en l’absence d’enregistrement public de droits versés à des personnes physiques ou à l'État : « En tant que tel, ces accords pourraient ne pas respecter les principes de bonne gouvernance des pêches ou de reddition de comptes. L’UE a exprimé sa désapprobation de ces « accords parallèles » sans disposer des moyens de les empêcher, ce qui est inquiétant ».

Réagissant à cette étude dans une interview, l'ambassadeur de l'UE à Madagascar soutient : « Certaines des conclusions ou des affirmations énoncées dans le communiqué de presse de l'ONG en question paraissent basées sur une approche simplificatrice et sur un certain nombre d'imprécisions ou d'approximations ». Il a souligné que la compensation est basée sur un tonnage de référence qui ne constitue pas un quota, comme le prétendent les auteurs de l'étude, mais des possibilités de pêche : « Il est donc tout à fait concevable que les possibilités de pêche ainsi négociées ne soient pas toujours pleinement utilisées par la flotte de l'Union européenne, sans que la compensation ait pour autant à être revue à la baisse. ». Il a également rappelé que l'accès négocié prend dument en compte le meilleur avis scientifique, ainsi que les recommandations en matière de gestion formulées par la Commission des thons de l'Océan indien, et que ces mesures de gestion prises par la Commission ne sont pas basées sur les limites de capture mais sur les celles des capacités de pêche, exprimées dans un certain nombre de licences ou d'autorisations de pêche.

Par ailleurs, l’ambassadeur a souligné qu'au-delà de l'accord en tant que tel, l'UE soutient Madagascar dans la promotion d’une pêche responsable par l’appui technique et financier aux organisations régionales pour les initiatives de suivi, de contrôle et de surveillance. Enfin, il a soutenu que les accords sont transparents, contrairement à « certaines flottes étrangères opérant dans les eaux de l'Océan Indien, y compris dans la ZEE malgache, qui opèrent malheureusement dans une totale opacité et la plus parfaite impunité ».